سید علی حسینی خامنهای فرزند مرحوم حجتالاسلاموالمسلمین حاج سید جواد حسینی خامنهای، در فروردینماه سال ۱۳۱۸ شمسی برابر با ۱۳۵۸ قمری در مشهد مقدس چشم به جهان گشود. سیدعلی خامنهای تحصیل را در چهار سالگی از مکتبخانه و با فراگیری قرآن کریم شروع کرد. دورهی دبستان را در نخستین مدرسهی اسلامی مشهد، دارالتعلیم دیانتی، گذراند . در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد. پس از اتمام دورهی دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسهی سلیمانخان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسهی نواب رفت و دورهی سطح را در آن به پایان برد. همزمان با تحصیلات حوزوی دورهی دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد . وی معالمالاصول را نزد آیتالله سیدجلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا احمد مدرس یزدی فرا گرفت. رسائل، مکاسب و کفایه را نیز نزد پدر و آیتالله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت. در سال ۱۳۳۴ش، در درس خارج فقه آیتالله سید محمدهادی میلانی حاضر شد. وی در ۱۳۳۶ش طی سفر کوتاهی همراه خانواده به نجف اشرف مشرف شد و در دروس مدرسان بنام حوزهی علمیهی نجف، از جمله آیات سید محسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی، سید محمود شاهرودی، میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی حضور یافت، ولی به دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت و به مدت یک سال دیگر در درس آیتالله میلانی حاضر شد. سپس در سال ۱۳۳۷ش به شوق ادامه تحصیل عازم حوزهی علمیهی قم شد. در همین سال و پیش از عزیمت به قم، آیتالله محمدهادی میلانی به وی اجازهی روایت داده بود . سید علی خامنهای، در قم نزد بزرگانی چون آیات حاجآقا حسین بروجردی، امام خمینی، حاج شیخ مرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد و علامه طباطبایی تلمذ نمود . در مدت اقامت در قم اکثر وقت خود را به تحقیق، مطالعه و تدریس میگذراند. وی در سال 1343 به دلیل عارضه بینایی پدر به قم بازگشت.از سال ۱۳۴۷ درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا سال ۱۳۵۶ و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت. ایشان از سال ۱۳۶۹ش تدریس خارج فقه را آغاز کرد و تاکنون به تدریس ابواب جهاد، قصاص، مکاسب محرمه و صلاة مسافر پرداخته اند.
