شهید سید جعفر مرتضوی در سال 1342 در شهر درچه از توابع اصفهان در یک خانواده کاملا مذهبی و متدین به دنیا آمد. دوران کودکی خود را همچون دیگران سپری کرد اما از همان کودکی پاکی و صداقت در اعمال و رفتار وی بسیار مشهود بود. وی که تحت تربیت خاص مادر خود که از خانواده روحانی و علمای مشهور اصفهان بود قرار داشت ، به آداب اسلامی مودب بود. (مادر وی دختر حضرت آیت الله العظمی سید محمد مهدی درچه ای است.)
چون به سن دبستان رسید وارد مدرسه شد و در دبستان اسلامی شهر درچه مشغول به تحصیل گردید. از همان ابتدا استعداد درخشان و نبوغ وی زیاد نزد معلمین مدرسه بود و هر سال در کلاس خود جزء دانش آموزان ممتاز بود و بارها به خاطر رتبه های ممتاز خود مورد تشویق مسئولین مدرسه قرار گرفت تا اینکه تحصیلات خود را تا پنجم ابتدایی به پایان رسانید و در همان سال در تابستان وارد مدرسه علمیه درچه شد و مشغول به تحصیل علوم دینی شد. اول سال تحصیلی به مدرسه راهنمایی رفت اما گویا مدرسه علمیه جاذبه بیشتری برای او ایجاد کرده بود لذا پس از دو سه ماهی مدرسه راهنمایی را رها کرد و به تحصیل در علوم دینی ادامه داد و با سرعت زیاد در عرض دو سه سال درس خود را در درچه به اتمام رساند اما چون احساس می کرد ذوق سرشار و استعداد نافذ وی در درچه سیراب نمی شود راهی اصفهان گشت و در مدرسه نیم آوراصفهان سکنی گزید و ادامه دروس خود را در مدارس نیم آور و صدر اصفهان پیگیری کرد تا اینکه مشغول درس رسائل گشت و باز چون احساس می کرد در شهر مقدس قم بهتر می تواند ادامه تحصیل دهد با مشورت اساتید خود راهی شهر قم گردید و در آنجا به ادامه تحصیل مشغول گردید. در این ایام بود که کم کم شعله های جنگ بر افروخته شده بود به همین لحاظ هر چند وقت که احساس می کرد در جبهه های جنگ به او نیاز است راهی جبهه ها می گشت و حدود هفت مرتبه در جبهه های جنگ شرکت کرد که گاهی اوقات خانواده وی هم از او اطلاعی نداشتند و همینک از جبهه باز می گشت تازه خانواده وی از رفتن او به جبهه مطل می شدند. گاهی اوقات به عنوان یک رزمنده ساده و گاهی به عنوان مبلغ در صفوف رزمندگان حضور می یافت و در همین حال و در بین همردیفان خود از نظر درسی بسیار بارز و فعال درخشیده بود و به گفته بعضی از اهل حوزه گاهی دروسی که خود استاد ندیده بود برای دیگران تدریس می نمود که موجب حیرت آنان شده بود.
دروس خود را ادامه داد آخرین درسی که مشغول بود نهایه الحکمه بود که در اواخر این درس در سال 1365 در عملیاتی در مهران انجام گرفت شرکت نمود و با اصابت ترکش خمپاره او به شهادت رسید و تشییع جنازه او با حضور جمعی از اساتید و جمعیت انبوهی از اهالی شهر درچه انجام گرفت و در گلزار شهدای اسلام آباد درچه به خاک سپرده شد.

بسم الله الرحمن الرحیم
اشهد ان لا اله الا الله و ان محمد عبده و رسوله و ان علیا و اولاده المعصومین ولی الله و ان الخمینی روح الله و نایب صاحب الزمان
خدمت پدر و مادر گرامی سلام عرض می کنم و از دوردست زجرکشیدنشان را می بوسم چون وباالوالدین احسانا خدمت برادران و خواهران گرامیم سلام وافر عرض می کنم و صورت نورانی آنان را می بوسم که همگی ذوی الحقوق هستید که زحماتی که به حضرات تا کنون داده ام عذر می خواهم فقظ تقاضای عفو و بخشش می کنم و می خواهم که اکر لغزشی از من دیده اند همه را عفو کنید و دعا کنید که خدا نیز ببخشاید و هم چنین از کلیه دوستان از جانب من عذر خواهی کنید قبلا وصیتنامه ای نوشته ام که در زیر کتاب منظومه سبزواری کذارده ام و آنچه بدهکار و طلبکار بوده ام در آن نوشته ام که حتما به آن عمل خواهید کرد تنها چیزی که می خواهم به آن اضافه کنم این است که چون مال و گوشت و پوست من از اموال امام زمان (عج) است لذا می خواهم که بعد از اجرای وصیت نامه و پرداخت دیون و قسط و طلبها باقیمانده را به نایب او خمینی برسانید که در راهی که صلاح می دانند مصرف کنند چنین سفارش می کنم که حتما دست ازانقلاب نکشید و مبادا مانند فرزندی گنهکار جزع و فزع کنید که دشمنان شاد شوند چون زینب (س) باشید که از کنار جسد پاره پاره برادر گذشت ولی در برابر دشمنان زاری نکرد و باز تاکید می کنم که انقلاب و امام را فراموش نکنید که هر چه داریم از آن است. اگر می بینید که ندای اسلام در سرتاسر جهان پیچیده است از برکت انقلاب است. به برادران سفارش می کنم که از درس و بحث چشم نپوشند و در تحصیل و تعلیم کوتاهی نکنند که الان جهان به معارف قرآن نیازمند است. کشورهای اسلامی و غیر اسلامی تشنه معارفی هستند که اسلام زنده انقلابی به جهان عرضه کرده است. از برادران تقاضا دارم که دست طلب برندارید که جوینده یابنده است. الغرض علاوه بر آن در تزکیه کوشش کنند که ما نکردیم و زیانش را دیدیم. در پایان به برادران و خواهران عزیز نیز سفارش می کنم که از جانب من صورت همه بچه ها را ببوسند بالخصوص نوزاد حاج آقا مهدی که موفق به زیارتش نشده ام
والسلام