او خودش را از سادات طباطبائى زواره معرفى کرده که به قمشة اصفهان مهاجرت نموده است.
پدرش سیّد عبد الباقى و نیز جدّش در تربیت او کوشش ها نمودند. سیّد حسن براى تحصیل علوم دینى به حوزه علمیةاصفهان آمد و به مدّت سیزده سال از حضور حدود سى استاد فاضل وگرانمایه بهره ها گرفت که از جمله آنان: آخوند ملا محمّد کاشى، حکیم متأله جهانگیرخان قشقایى، سیّد محمّد باقر درچه اى، شیخ مرتضى ریزى و... بودند. مدرس پس از حوزه اصفهان به نجف اشرف در جوار مضجع امام الموحدین(ع) رفت و از محضر میرزاى شیرازى، آخوند خراسانى و سیّد محمد کاظم یزدى برخوردار شد و به درجه اجتهاد رسید. او در آنجا با حاج شیخ حسنعلى اصفهانى، عارف مشهور، هم حجره گشت و آثار معنوى فراوانى یافت.
روزهاى پنجشنبه و جمعه کار مى کرد و خرج تحصیل را فراهم مى نمود. در همین ایام بود که نهضت مشروطه و مبارزه مردم ایران شروع شده بود و او این حوادث را پیگیرى مى نمود.
کرسى درس مدرس در اصفهان از رونق خاصى برخوردار بود. او در مدرسه جده کوچک و جده بزرگ درس فقه واصول مى گفت.
این شهید بزرگوار با متنفذین و مالکین بزرگ اصفهان که به فقرا اجحاف مى کردند سر ستیز داشت. وقتى حاکم اصفهان افرادى را مى زند، مى گوید: »این دزد در مسند مشروطه عمل به استبداد مى کند. «. او با صمصام السلطنه مبارزه مى کرد تا جایى که تصمیم مى گیرند مدرس را تبعید کنند.
در این هنگام مردم دور مدرس حلقه مى زنند، او به طرف تخت فولاد مى رود و هر لحظه جمعیت زیادتر م ىشود. حاکم اصفهان وقتى اوضاع را وخیم مى بیند، دست به دامن حاج آقا نور الله اصفهانى مى شود و او از مدرس مى خواهد که مردم را متوقف کند. یک بار هم در اصفهان قصد ترور او را داشتند که مدرس از خود دفاع نمود و ترور ناکام ماند و بازاریان اصفهان آن افراد را دستگیر کردند.
شهید مدرس به تهران رفت و درس خود را در ایوان زیر ساعت مدرسة سپهسالار آغاز نمود و گفت: » کار اصلى من تدریس است و سیاست کار دوم من است «. او نخستین کسى بود که نهج البلاغه را در متن درسى حوزه هاى علمیه قرار داد.
فعالیّت هاى سیاسى او با عضویت درانجمن ایالتى اصفهان آغاز شد. در سال 1289 هم زمان با تشکیل دوره دوم مجلس که پس از استبداد صغیر برپا شد، مدرس از سوى آخوند خراسانى و عبدالله مازندرانى به عنوان یکى از مجتهدان طراز اوّل به مجلس معرفى گردید.
دردوره سوم از طرف مردم تهران انتخاب شد که به علّت فشارهاى خارجى یک سال بیشتر دوام نیاورد.
پس از کودتاى 13 اسفند 1299 که توسط رضا خان و سید ضیاءالدین طباطبائى صورت گرفت آزادیخواهان دستگیر شدند و از جمله مدرس به قزوین تبعید و زندانى گردید.
در سال 1302 با روى کار آمدن رضا خان، مدرس رهبرى اقلیّت مجلس را به عهده داشت که رضا خان را استیضاح کرد.
در 22 مهر 1306 از خواف به کاشمر تبعید شد. رضا خان از رئیس شهربانى آنجا خواست که وى را به قتل برساند ولى او زیر بار نرفت. در نتیجه عوامل رضاخان از طرف او مأموریت یافته و دست به این جنایت بزرگ زدند و در تاریخ 10 آذر 1316 آیت الله مدرس را در حال روزه به شهادت رساندند.

فرازی از سخنان شهید:
فکر م ىکردم چرا ممالک اسلامى رو به ضعف رفته و ممالک غیر اسلامى رو به ترقى! چندین روز فکر کردم و بالاخره چنین فهمیدم که ممالک اسلامى، سیاست
و دیانت را از هم جدا کرد هاند؛ ولى ممالک دیگر سیاستشان عین دیانتشان یا جزو آن است.

...اگر ملّتى از همه مواهب طبیعى برخوردار باشد، امّا نام مردان بزرگ، عالمان سترگ و اسطور ههاى پایدارى و مقاومت در آن ندرخشد، آن ملّت حقّ مفاخره ندارد و ایران مفتخر است که از وجود چنین فرزانگانى برخوردار است که دیانتشان عین سیاستشان است...